Die Insel Ufenau war im frühen Mittelalter die Mutterpfarrei der umliegenden Seegemeinden, die sich im 13./14. Jahrhundert allmählich von ihr abspalteten und zu eigenständigen Pfarreien wurden. Die Martinskapelle wurde im 7./8. Jahrhundert und die Pfarrkirche Peter und Paul im 12. Jahrhundert erbaut.
In einem Tauschgeschäft mit dem Kloster Säckingen erwirbt Kaiser Otto die Insel und schenkt sie 965 dem Kloster Einsiedeln. Napoleon enteignete bei seinem Zug durch die Schweiz die Klöster. Die Insel Ufenau wurde dem von Napoleon geschaffenen Kanton Linth zugeteilt. Weil sie für den Kanton eine Belastung war, stiess man die Insel auf einer Gant ab. Die Rapperswiler Familie Curti erwarb die Insel für 4000 Gulden und schenkte sie später wieder dem Kloster Einsiedeln.
Die Rapperswiler zogen an Fronleichnam in einer Prozession mit Schiffen um die Stadt und zur Insel Ufenau. Auch heute wird am Fronleichnam-Fest ein Gottesdienst auf der Ufenau gehalten.
1523 wurde der deutsche Humanist und Reformer Ulrich von Hutten heimlich auf die Insel gebracht. Er suchte Hilfe beim Leutpriester und Heilkundigen Klarer.
Der Leutpriester konnte Hutten nicht mehr heilen und ihn vor seinem Tod retten. So musste er Hutten bei Nacht und Nebel "verscharren", denn das Bekannt werden des Aufenthalts eines berüchtigten Reformers auf der Insel Ufenau hätte dem Leutpriester zumindest seine Stelle, wenn nicht sein Leben gekostet.
